Editorial Abya-Yala nace como un proyecto editorial comprometido con los pueblos indígenas y la producción de conocimiento en ciencias sociales en América Latina. Sus orígenes se remontan a 1975, con la creación de la colección Mundo Shuar, proyecto cultural impulsado por Juan Bottasso, misionero salesiano y antropólogo. Poco a poco, junto a investigadores, jóvenes indígenas y académicos nacionales e internacionales, se consolidó como una de las experiencias editoriales más sólidas en el ámbito, posicionando a la cultura shuar como una de las más documentadas de la Amazonía. A partir de la década de 1980, el proyecto se amplió hacia otros pueblos indígenas del Ecuador con los sellos Mundo Andino y Ethnos, en un contexto de fortalecimiento del movimiento indígena y de la educación intercultural bilingüe.
Ante el crecimiento del catálogo y la proyección internacional, a partir de 1983 aquellos sellos se unificaron bajo el nombre Abya-Yala, término de origen kuna que designa al continente americano y simboliza una visión plural, intercultural y latinoamericana. Desde entonces, la editorial se consolidó como un referente regional en ciencias sociales, derechos humanos, interculturalidad y pensamiento crítico.
A lo largo de cinco décadas, Abya-Yala ha articulado universidades, centros de investigación y organizaciones sociales. Ha sido pionera en Ecuador en la venta de libros por internet, impresión bajo demanda y edición digital. Ha recibido múltiples reconocimientos: Premio Iberoamericano Bartolomé de Las Casas (1992), Mejor Editorial Ecuatoriana (1998), Premio Pío Jaramillo Alvarado (1998), y el Premio Eugenio Espejo (2008) por su contribución a la interculturalidad.